Com todas as condições favoráveis, o PCB obteve resultados razoáveis nas eleições de 2 de dezembro. Estes resultados estimularam os militantes comunistas e, apesar da pregação de Prestes pela luta armada, pela primeira vez, a defesa da via pacífica para a chegada ao poder tomava corpo no Partido.
Seus dirigentes, porém, alheios a essa tendência, enveredaram,por uma ferrenha oposição ao regime. Atacaram violentamente os dispositivos neo-liberais inscritos na Constituinte e criticaram asperamente o apelo que o Governo fazia aos investidores estrangeiros. Cresce a agitação das massas e os choques entre a policia e os militantes comunistas passaram a ser cada vez mais constantes.
Em março de 1946, em pleno Congresso Nacional, Prestes declarava, para espanto dos não-comunistas, que lutaria ao lado da Rússia em caso de guerra contra o Brasil (5).
Nesse ano, em agosto, o Partido organizou um Congresso Nacional Sindical que, num desafio ao Governo, criou a Confederação Geral dos Trabalhadores Brasileiros (CGTB). A CGTB representava um passo à frente em relação ao MUT, que, criado em abril de 1945, foi fechado no mesmo ano, por incorporar federações sindicais, procedimento não permitido por lei.
Paralelamente a esses desencontros com o Governo, a situação interna modificava-se em decorrência da evolução da situação internacional que corria em franca mudança de rumo. A Rússia, pela força do Exército Vermelho, impôs seu regime totaitário a mais de uma dezena de países do Leste Europeu, ocupados durante a guerra (6). Com isso,a aliança entre a URSS e as democracias ocidentais chegava ao fim e iniciava-se a "guerra fria".
O Brasil rompe relações diplomáticas com a URSS, cassa o registro do PBC (7 de maio de 1947) e declara a CGTB igualmente ilegal (7).
Muitos militantes, inclusive Prestes, passaram à clandestinidade. Entretanto, a estrutura do PCB não foi tocada: '''O fato é que a imprensa do Partido, jornais nacionais e estaduais, continuaram circulando regularmente...
"O mesmo verificou-se com livros e demais publicações editadas pelo Partido. Na maioria dos Estados, os locais do Partido permaneceram abertos e, no final desse governo, na campanha sucessória, os comunistas puderam realizar ou participar dos atos públicos" (8).
O PCB saíra da legalidade de direito mas permanecera na legalidade de fato.