No fim da década de 50, as Ligas Camponesas haviam-se projetado nacionalmente e, no início dos anos 60, sofreriam uma virada ideol6gica. Afastar-se-iam do PCB e abraçariam uma concepção revolucionária calcada na experiência cubana, definindo-se pela reforma agrária radical ("na lei ou na marra").
O afastamento do PCB deu-se com a derrota, no V Congresso do Partido, das teses dos comunistas vinculados às Ligas que viam no campesinato a principal força revolucionária. O Partido, nesse Congresso, realizado em 1960, consagrara a tese do caráter nacional-democrático da revolução, atrelando a reforma agrária e o movimento camponês às necessidades táticas dessa etapa, alicerçada numa frente única constituída de operários, estudantes e camponeses. Esse fato agravara as relações entre o Partido e as Ligas, já tensas desde a campanha presidencial, quando estas lideravam uma campanha de solidariedade a Cuba, durante o bloqueio à ilha, por ocasião da chamada "crise dos mísseis soviéticos" (o Partido, que apoiava Lott, considerou o movimento inoportuno). O rompimento viria no final do ano seguinte.
O ano de 1961 é marcado pela aproximação de Francisço Julião e das Ligas com as concepções revolucionárias de Cuba. Julião era um advogado, casado com a militante comunista Alexina Crespo e que, atuando nas Ligas desde 1955, tornara-se seu principal líder.
Em novembro desse ano, a União dos Lavradores e Trabalhadores Agrícolas do Brasil (ULTAB), dominada pelo PCB, realizou, em Belo Horizonte, o I Congresso Nacional de Lavradores e Trabalhadores Agrícolas. O conclave caracterizou-se pela disputa entre as idéias cubanas de Julião e as teses do PCB. Em entrevista à revista "Che", de Buenos Aires, durante esse Congresso, Julião afirmava: "... nosso lema é - reforma ou revolução.
Se negássemos a revolução seríamos demagogos, carentes de autenticidade; não teríamos o valor de defender nosso ponto de vista e nossa ideologia."
"Preconizamos uma reforma agrária radical, e as massas brasileiras, que adquirem cada vez maior consciência da dura realidade, levarão o País a nova convulsão social , a uma guerra civil, e ao derramamento de sangue. Será a liquidação de um tipo de sociedade e a instauração de outro. Nós temos nos envolvido nessa luta com o fim de preparar as massas brasileiras para o aadvento de uma sociedade nova, na lei ou na marra".
A tese de Julião de uma reforma agrária "na lei ou na marra" empolgara o Congresso, permitindo que as posições do PCB fossem derrotadas, passando essa bandeira a constituir-se no princípio estratégico das Ligas Camponesas. A partir desse evento,quebra-se a unidade do movimento camponês, que passou a ter orientações de esquerda divergentes.
Desde o rompimento com o PCB, as Ligas camponesas passaram a preparar-se para criar uma forte organização camponesa em todo o País, que lhes permitisse o enfrentamento armado. Foi criado um Conselho Nacional das Ligas Camponesas, logo infiltrado por dois outros partidos comunistas, o Partido Comunista do Brasil (PC do B) e a Organização Revolucionária Marxista-Política Operária (POLOP).
As atividades das Ligas invertem-se. Até agora, predominantemente voltadas para a agitação política e para a organização legal do movimento camponês, passam a dar prioridade à ação militar. Seus melhores quadros, de Pernambuco, são remanejados pira outros Estados, a fim de organizar e mobilizar revolucionariamente, o movimento camponês. Foi iniciada, então, a preparação de campos de treinamento, de guerrilhas, sendo os principais na região de Almas, Natividade e Dianópolis, no Nordeste de Goiás, onde predominavam elementos oriundos do movimento estudantil.
Os 'trotskistas também tentaram infiltrar-se nas Ligas. O Partido operário Revolucionário Trotskista (PORT) enviou para o Nordeste vários componentes de seu Comitê Central e passou a atuar com predominância nessa área, a partir de 1962.
Julião, temendo perder o controle político das Ligas, em 21 de abril de 1962, na cidade mineira de Ouro Preto, lançou o Movimento Tiradentes, procurando emprestar-lhe conotações históricas nacionais e unificá-las em torno do "socialismo e o exemplo da revolução cubana", com base nos princípios da II Declaração de Havana. Isolado do PCB e defendendo princípios divergentes do PC do B e da POLOP, o movimento naõ foi capaz de restaurar a unidade orgânica das Ligas e teve vida efêmera. Em outubro de 1962, as divergências internas aprofundaram-se e Julião é expulso da Comissão Nacional, passando o controle das Ligas ao PC do B. Em novembro de 1962, as Forças Armadas desarticularam os seus campos de treinamento de guerrilhas e a 27 desse mesmo mês a queda de um Boeing 707, da VARIG, quando se preparava para pousar no Aeroporto Internacional de Lima, no Peru, permitiu o encontro de documentos que tornaram públicas as ligações do governo cubano com as Ligas. Todos esses fatos levaram as Ligas Camponesas a atravessarem profunda crise, do que se valeria o PCB para tentar retomar a hegemonia do movimento camponês.