Os comunistas, desde logo, colocaram-se no Gabinete de Brochado da Rocha, considerado como em conciliação com a "reação e o entreguismo". Em agosto de 1962, o PCB aprovou uma nova Resolução Política, na qual, além de constatar "uma divisão cada vez mais evidente entre os chefes militares", afirmava que as massas deviam mobilizar-se "desde já, através das organizações operárias camponesas, estudantis, e por todas as pessoas", a fim de lutarem pelas reformas de base e estarem preparadas para "os acontecimentos que venham a ocorrer".
Enquanto a UNE realizava o seu XXV Congresso, em Quitandinha, com a presença de Brizola, a Frente de Libertação Nacional fazia realizar um Congresso, em são Paulo, no qual foi decidido não permitir qualquer adiamento das reformas de base.
Na segunda quinzena de agosto, em São Paulo, realizou-se o IV Encontro Sindical,. no qual, além de terem sido estabelecidos "os onze pontos de ação imediata, delineando as reformas de as base", o Comando Geral de Greve foi transformado no Comando Geral dos Trabalhadores (CGT).
Além das pressões ,pelas reformas de base, dois novos problemas passaram a conturbar a área política: o plebiscito sobre o sistema de governo e as eleições previstas para o dia 3 de outubro de 1962. O Congresso estabeleceu a data limite de abril de 1963 para a realização do plebiscito. Os ministros militares lançaram um manifesto de apoio. Jango, entretanto queria que ele fosse realizado juntamente com as eleições de outubro.
O General Jair Dantas Ribeiro, Comandante do III Exército, telegrafou ao Presidente da República e ao Ministro da Guerra, informando-os de que não poderia garantir a ordem "se o povo se insurgir contra o fato de o Congresso recusar marcar o plebiscito para antes ou no máximo simultaneamente com as eleições". O Ministro da Guerra, Nelson de Mello, apesar de ser favorável à antecipação, irritou-se com o episódio, considerando-o como um ato de indisciplina e vislumbrando a influência de Brizola.
Em 1º de setembro de 1962, o Gabinete de Brochado da Rocha renunciou, por desentendimentos relativos à "técnica" para a realização do plebiscito.
O CGT, que se havia tornado um poderoso instrumento de pressão política, decretou nova greve geral, paralisando cerca de três milhões de trabalhadores em todo o Pais. Em 18 de setembro, foi anunciado o novo Gabinete de Hermes Lima, imediatamente hostilizado pelos comunistas.
Nesse clima, realizaram-se as eleições de 3 de outubro de 1962, com as eleições de Miguel Arraes, para Governador de Pernambuco, Leonel Brizola, para Deputado Federal pelo Rio de Janeiro, e diversos sargentos para deputados, em flagrante desrespeito a dispositivos legais.
Em dezembro, o PCB publicou uma nova Resolução Política, lançando o "slogan" "Plebiscito com Reformas". Em 6 de janeiro de 1963, o plebiscito restaurou o sistema presidencialista.
Jango, com os poderes restabelecidos, partiu para a execução de um Plano Trienal, a fim de combater a inflação, continuamente acelerada pelas greves e agitações. Incapaz de compreender as dificuldades de uma política antiinflacionária e acreditando que o problema real era a reforma social, o Presidente não conseguiu desenvolver, com sucesso, esse Plano.