A partir de 1962, o panorama no movimento camponês modificar-se-ia totalmente. O Governo Goulart decide estimular a sindicalização em massa, na tentativa de reorientar as mobilizações agrárias,agora em apoio a seu governo populista. É criada a Superintendência da Política da Reforma Agrária "SUPRA) e a bandeira da reforma agrária é reativada sob a égide do Governo.
As cartas sindicais concedidas pelo Ministério do Trabalho permitiam uma seleção dos sindicatos a serem liberados. Apenas a Igreja disputaria essas concessões com o PCB, através de sua organização de frente, a ULTAB. Nesse ano, ainda, o número de camponeses filiados aos sindicatos já ultrapassaria ao dos filiados ás Ligas. A agitação, camponesa concentrar-se-ia agora no movimento sindical. O móvel da luta no campo seria de caráter trabalhista, a luta seria do assalariado rural, embora a bandeira que agitasse essa luta fosse a da reforma agrária.
Particularmente no Rio de Janeiro, cresce o número de invasões de propriedades por grupos armados nas regiões de Magé, Paracambi, Itaguaí, Cachoeira de Macacu, Caxias, etc.
No inicio de 1963, a aprovação do Estatuto do Trabalhador Rural permitiria que o número de filiados aos sindicatos dobrasse em todo o pais. Simultaneamente, acirram-se os conflitos sociais no campo.
Em outubro, é programado um comício em Recife, do qual deveriam participar 30.000 camponeses vindos do interior, em . marcha sobre a Capital, conduzindo foices, enxadas e outros instrumentos de trabalho. Concretizava-se mais um objetivo. Era a demonstração de força, pacifica, usada com objetivos políticos sindicais.
Após a perda da hegemonia do movimento camponês, as Ligas procuravam reestruturar-se organicamente e redigir suas teses programáticas para a nova conjuntura que se apresenta amplamente favorável. Elas são revitalizadas com a adesão do Padre Alípio, que se desligara da ULTAB em fins de 1962.
O jornal "A Liga", editado no Rio de Janeiro, transcrevia o embate interno que se travava nas Ligas. Ele girava em torno da necessidade da criação de uma estrutura centralizada que impusesse uma política unitária, coordenando as bases e consolidando uma vanguarda revolucionária.
Julião tenta nessa oportunidade recriar o Movimento Tiradentes, através da organização do denominado Movimento Unificado da Revolução Brasileira (MURB).propondo a unidade das forças revolucionárias em torno de reformas radicais de conteúdo nitidamente socialista. Embora suas teses programáticas tivessem ressonância no Conselho Nacional, Julião não leva em conta a complexidade das alianças político-ideológicas, distinguindo apenas duas forças em choque, as forças reacionárias e as forças revolucionárias. Sua proposta de criação do MURB não encontra apoio.
Organicamente, o Conselho das Ligas iria optar pela proposta do Padre Alípio, que propugnava uma composição predominantemente operário-camponesa para o Conselho Nacional e que as Ligas com o nome de Ligas Camponesas do Brasil tivessem como suporte uma organização de Massa (OM) e uma organização Politica (OP). A OP deveria estruturar-se nos moldes de um partido marxista-leninista, cabendo-lhe as funções dirigentes da Liga, e a OM funcionaria como uma entidade de massa, congregando todos aqueles que concordassem com a efetivação das reformas radicais propostas por Julião.
Em outubro de 1963, na Conferência de Recife, as Ligas que se vincularam informalmente ao Conselho Nacional unificam-se sob uma estrutura única com a denominação de Ligas Camponesas do Brasil.
As Ligas foram a expressão mais explicita da tendência violenta do Movimento Comunista Brasileiro, antes da Revolução de 1964.