Os sindicatos e as universidades haviam sido os alvos prediletos da difusão das idéias comunistas.
A prisão da cúpula comunista que manipulava as Confederações e o CGT e a intervenção nos sindicatos que atuavam de forma irregular (cerca de 15 %) desarticularam o movimento sindical, embora os operários permanecessem afastados da Revolução.
Na área educacional, porém, as dificuldades foram maiores. Submetidos, havia anos, à intensa propaganda marxista, os estudantes radicais, já apoiados pelo nascente "clero progressista", tornaram-se o único pólo de oposição consistente, após a Revolução. Doutrinados pelo PCB, PC do B, PORT, AP e POLOP, já possuíam uma visão de esquerda e os mais politizados estavam a favor da luta armada. O próprio Vladimir Palmeira que, dentro de poucos anos, viria a ser um dos maiores lideres estudantis no Rio de Janeiro, testemunhou: "Apesar disso, alguns de nós, mais por empirismo do que por outra coisa, não acreditávamos já então, em soluções pacíficas para a problemática nacional. No momento do golpe, tínhamos uma visão que não podemos considerar revolucionária, mas compreendíamos que de nada adiantavam as meias medidas contra a reação e que a violência era uma necessidade imperiosa contra os militares golpistas" (10).
Com tal mentalidade radical, explica-se a dificuldade que a Revolução de Março encontrou para pacificar o meio educacional.
Foram vãs as tentativas de obter-se a ordem, através da influência pessoal dos reitores e dos professores. Sequer as medidas positivas tomadas de imediato, como o Censo Escolar - cujos resultados alarmantes deram origem ao salário-educação -, os empréstimos externos, necessários à provisão de recursos para a educação, e o Estatuto do Magistério, serviram para acalmar o Movimento Estudantil (ME).
O novo Ministro da Educação e Cultura, Flávio Suplicy de Lacerda, homem íntegro e pouco flexível, acreditava que os estudantes deveriam ater-se, apenas, à política estudantil, mesmo assim, sem a orientação dos comunistas.
A UNE, dominada havia 3 anos pela AP, foi praticamente desarticulada. Alguns de seus diretores, inclusive, fugiram para o exterior, como Aldo Arantes, ativo militante da AP, que havia sido presidente da UNE na gestão 1961/62.
Em 4 de junho de 1964, através de mensagem enviada ao Congresso, o Governo solicitava a extinção da UNE e das entidades estaduais e municipais, criando, em seu lugar, os diretórios eleitos pelo voto obrigatório da totalidade dos estudantes.
Três semanas depois, em 24 e 25 de junho, o Conselho Nacional de Estudantes, composto pelas entidades de nível nacional, reuniu-se extraordinariamente no Calabouço, no Rio.de Janeiro, e elegeu uma Junta Governativa para a UNE, integrada por 4 membros.
No final de outubro, o Congresso aprovou a extinção da UNE. Alguns dias depois, a Faculdade Nacional de Direito da Universidade do Brasil, entrava em greve de protesto.
Em 27 de novembro, a Lei n9 4.464, pejorativamente conhecida como "Lei Suplicy", regulava a organização dos novos diretórios estudantis, buscando democratizar as entidades, tirando-as do domínio fechado de uma cúpula e evitando as eleições por conchavos.